Jednym z procesów, do których używane są bioreaktory, jest precyzyjna fermentacja. W wyniku tego procesu uzyskuje się np. jogurty (poprzez fermentację mleka przy użyciu bakterii mlekowych), sery (fermentacja przy użyciu bakterii takich jak Lactococcus, Lactobacillus i Streptococcus), produkty takie jak kombucha czy miso.